Sin embargo sería en la temporada 2012-13 (la tercera y más lamentable de la era Mourinho) cuando su estrella en el equipo blanco comenzaría a apagarse. Su enfrentamiento con el técnico portugués por su amistad con el barcelonista Xavi, que contrariaba su idea de enfrentamiento extremo con el equipo culé, ya le había cuestionado pero sería sobre todo a raíz de la lesión fortuita en la mano izquierda que su compañero Arbeloa le produjo en un partido contra el Valencia el 23 de enero de 2013 cuando comenzaría la estrella de Iker comenzaría su caída. Este percance supuso que causara baja durante dos meses y medio, lo que impulsó al club a fichar a un portero contrastado como Diego López para suplirlo. Cuando a Iker se le dio el alta médica tres meses después ya no lograría recuperar el puesto de titular en ninguna de las tres competiciones, debido también al gran nivel mostrado por su sustituto. Pero ante una afición que no aceptaba la ausencia en la titularidad de su ídolo, Mourinho justificaría su decisión al principio con que tenía el alta médica pero no la competitiva, para más tarde reconocer abiertamente que le gustaba más el perfil de portero de Diego que el de Iker, mientras comenzaban las veladas acusaciones que lo calificaban de topo y chivato del vestuario. Esa disputa se proyectaría en la propia afición madridista, ocasionando un cisma que se ha ido agrandando hasta el final. Nunca sabremos si fue esa pérdida de confianza o la propia pérdida de condiciones que a todos los jugadores ocasiona la edad la que convertiría en profecía autocumplida un claro bajón en su rendimiento que se ha prolongado hasta el final de su carrera en el equipo.
La temporada siguiente, la primera de Ancelotti, Iker jugaría de titular Copa del Rey y Champions, únicos títulos ganados por el equipo, pero fue precisamente en la final de Lisboa (y en su actuación con la selección en el Mundial) cuando vimos claro que el nivel de Iker se había desmoronado, no alcanzando el necesario para un equipo de la exigencia del Real Madrid. Y ésta última temporada, en la que el club optó políticamente por apartarle la competencia de Diego López para traer un portero que aceptaría mejor la suplencia como Keylor Navas, no ha hecho más que confirmarlo, sobre todo con la creciente animadversión de una parte de la afición, la más garbancera y nostálgica del mourinhismo, que no dudaba en pitarle a la mínima duda por parte del de Móstoles. Aunque es justo decir que no ha sido ninguna mala actuación suya la que ha apartado decisivamente al equipo de los títulos de este año, sí ha podido observarse meridianamente cómo su inseguridad y la acentuación de sus deficiencias echaban al equipo atrás y lastraban su rendimiento como conjunto. Quizás ha sido la gran aportación de los nuevos porteros del F.C. Barcelona a la mejoría del juego de su equipo la que ha dejado ver, de forma diferencial, que el Real Madrid necesitaba afrontar, ya sin más tardanzas, la renovación definitiva de su portería. Y ha sido así como, de forma poco elegante por parte de un presidente que nunca le demostró mucha estima, el mejor portero de la historia del Real Madrid se ha visto forzado a una renuncia que nunca quiso. Deseémosle pues desde aquí la mejor de las suertes en su etapa con el Oporto al gran Iker Casillas. Que te vaya bonito y hasta siempre, portero. 
